Выставочная работа является одним из отражений научно-исследовательской работы музея. Так, только с 1998г. по 2003 г. было создано 72 новые выставки: 21 - стационарная и 51 - передвижная. Все они отражают состояние фондовых коллекций Музея героической обороны и освобождения Севастополя по истории города. Наиболее интересные выставки этих лет:
- '' Русский военный мундир XX вв'';
- '' Победители'' ( обмундирование и вооружение советских воинов 1941 -1945 гг'';
- '' На страже морских рубежей'' (к 10-летию создания ВМС ВС Украины'';
- '' Пример ярчайший для потомков'' ( к 200-летию со дня рождения П.С.Нахимова'';
- '' Киев-Севастополь: времен связующая нить'' ( к 10-летию независимости Украины)
Ежегодно музей создаёт стационарные выставки, которые демонстрируются на Сапун-горе, площади Ревякина, Историческом бульваре, где работает три выставочных зала.
Передвижные выставки предоставляются учреждениям, воинским частям, учебным заведениям в прокат, а также демонстрируются музеем на улицах и площадях города в дни массовых мероприятий.